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在团创建的初期，党团关系不明晰的问题十分突出。由于中国共产党的发起人基本都参加了各地青年团组织的创建工作，许多早期的中共党员在当时也是团员。同时，共产党的早期组织当时处于秘密状态，而团是半公开的，所以党的有些工作实际上用团组织的名义开展，所以党团之间缺乏明确的关系界定，这不仅不利于党对团发挥领导和指导作用，同时也在一定程度上制约了团自身的发展。
团一大召开以后，曾依照共产国际的规定制定党团关系所遵循的原则：“除了政治上的主张须与中国共产党协定以外，社会主义青年团有完全的自主之权。两团体各级执行委员会会议，得互派有表决权之代表一名出席。”由于当时规定的政策只是“协定”，并没有决定应该绝对服从，所以此后至团二大召开前，党团关系尤其是在团的独立性方面一度陷于一种“奇妙不明的状态”。当年团中央书记施存统曾在一篇文章中指出“共产主义的运动，最忌的是‘分裂’，‘分裂’就是自杀”。我们无论怎样都应排万难来拥护这一运动的‘一致’。欲求运动的一致，我以为须进一步决定完全服从共产党的政策。”
团二大的召开时间经毛泽东的提议，改期在中共三大召开以后，正是为更好地贯彻执行中共三大的决议而作出的重要进步。为了加强对青年运动的领导，中国共产党第三次全国代表大会还通过了《关于青年运动议决案》。议决案首先指出，青年运动是党的重要工作之一，对于社会主义青年团，党应极力加以组织上和指导上之援助。中共代表毛泽东在团二大第四次会议报告中，提出“在政策上须完全服从”“在组织上可完全独立”，大会决议通过。大会第七次会议讨论中国社会主义青年团与中国共产党的关系，主席团报告大会议决完全依少年国际二次大会决议案，即：(一)组织独立，政策上完全服从；(二)中央开会时互派代表；(三)中国共产党应尽力援助社会主义青年团。
由此，大会对党团关系作了明确的规定，要求青年团在政治上要完全服从共产党的主张，在工作和组织上要保持一个独立的团体；大会还坚决接受中共“三大”确定的与国民党合作的方针，决定社会主义青年团团员以个人名义加入国民党，对于统一全团的思想，贯彻中共统一战线的方针，推动第一次国共合作具有重要的意义。
中国社会主义青年团二大的召开在共青团史上的重要地位，不仅在于大会首次明确了党团关系，其在团的历史上造就的唯一性也已然载入史册：首先，毛泽东同志基本全程参与了团二大，这是毛泽东同志唯一一次全程参与的团代表大会，也是解放战争前唯一的一次因公到南京。毛泽东同志作为中共重要代表出席团二大的预备会议（8月20日），在大会第一次会议上致辞（8月21日），在第四次会议作报告（8月23日），并在大会闭幕时发表演说（8月25日）。其次，这是唯一一次在高校召开的团的代表大会。团二大在东南大学的召开，无疑是历史的选择，也体现了东南大学师生为马克思主义的传播、党团活动的组织作出了历史性贡献。第三，共青团中央主管主办的历史最长的红色媒体———《中国青年》诞生于此。团二大决议出版三种出版物，《团刊》为教育团员及报告消息机关，每月至少一期;《中国青年》周刊系对学生宣传，《青年工人》月刊系对工人宣传。《中国青年》几经风雨，伴随着奋勇前进的中国共青团，引领着广大青年在革命斗争和国家建设的征途中始终紧跟党走、不懈奋斗。
作为团二大的召开地，东南大学在团二大的史料发掘、历史研究、宣传推广等工作方面担负着重要历史使命，也具有得天独厚的优势。学校团委将充分开发并利用好学校红色文化资源，紧紧围绕立德树人根本任务，深入开展“不忘初心、牢记使命”主题教育，承扬共青团坚定不移跟党走的光荣传统，不断加强和改进大学生思想政治教育，为培养担当民族复兴大任的时代新人提供优质的思想政治教育载体。